
近日,扬州大学园艺园林学院王莉教授团队在Plant Communications(中科院一区Top实盘配资之家网,最新影响因子11.6)在线发表了题为“A chromosome-level genome assembly for Ficus carica provides genetic insights into flowerless fig-fruit development, psoralen biosynthesis, and drought tolerance”的研究论文。团队构建了高质量的(Ficus carica)染色体级基因组(323.03 Mb,N50达23.82 Mb,完整度达98.9%),并借助此基因组平台,系统解析了无花果三大核心生物学性状的关键遗传机制:其独特的隐花果(隐头花序生于果内)发育机制、重要药用成分补骨脂素的生物合成途径以及突出的耐旱特性的分子基础。研究结果首次揭示榕属植物隐花果性状形成的遗传基础,填补了无花果补骨脂素生物合成与抗旱机制研究的空白,为无花果分子育种与产业升级,以及桑科植物适应性进化研究提供了遗传资源与理论支撑。

无花果是世界广泛种植的果树,也是著名药食同源果品植物。无花果在《圣经》中屡次被提及,被誉为“天堂圣果”,考古学家在约旦河谷早期新石器时代遗址发现距今约1.1万年的无籽无花果遗迹,暗示其为人类最早驯化的果树之一(Kislev et al. 2006)。无花果以独特的隐花果结构、丰富的药用代谢物(例如抗癌成分补骨脂素)以及出色的抗旱能力著称。然而,由于缺乏高质量的基因组参考序列和有效的遗传转化体系,严重制约了这些重要生物学性状形成机理解析和高效分子育种改良。
研究团队通过整合PacBio长读长测序和Hi-C染色体构象捕获技术,成功构建了无花果栽培品种“Brunswick”的高质量染色体级别基因组(323.03 Mb,N50为23.82 Mb),基因组评估显示完整度高达98.9%,注释获得23,828个蛋白编码基因。系统发育分析揭示,无花果(榕属)与桑科其他属的物种约在5000万年前发生分歧。
创新性发现一:破解“无花之果”隐花果的发育之谜。研究人员利用比较基因组学首次发现,S-结构域受体激酶(s-domain RLK)基因家族的显著收缩可能与无花果的单性结实有关(图1)。同时,通过比较不同发育时期的桑科植物,例如隐花果(榕属)vs.聚花果(桑属、构树属)转录组及共线性分析,精准锁定了MADS-box基因家族(FcAGL6、FcAP2、FcSEP1/2等基因)在调控独特隐花果发育过程中的核心作用(图1),为理解这一特殊生殖结构形成机制提供了关键分子线索。此外,研究者通过同源转化实验揭示了无花果成熟过程中果肉花青苷积累关键调控基因FcANS与FcCHS的作用机制。

图1 无花果的比较基因组分析及MADS基因家族鉴定
创新性发现二:解析重要药源成分补骨脂素合成路径。无花果富含具有显著药理活性(抗炎、抗肿瘤等)的香豆素类化合物补骨脂素,在医药与功能食品领域应用潜力巨大。代谢组学分析揭示,补骨脂素主要在无花果根系积累(图2)。结合基因组、转录组和代谢组多组学数据,成功鉴定出FcMS是补骨脂素生物合成的关键基因。通过发根农杆菌介导的遗传转化技术,首次实现了对FcMS基因的功能验证,确证了其在补骨脂素合成通路中的核心地位(图2)。这一发现为利用生物技术手段定向调控或合成补骨脂素奠定了分子基础。

图2 无花果补骨脂素生物合成途径中关键酶的鉴定及功能验证
创新性发现三:揭示抗旱性的分子开关。无花果是榕属中唯一适应于干旱地区(例如中东等地)栽培的物种,显示其强大抗旱性。为阐明无花果抗旱性的遗传基础,研究团队发现NAC转录因子FcJA2在干旱胁迫下被显著激活,并处于调控网络的核心位置。深入的功能研究表明,FcJA2通过直接调控下游关键基因FcPP2C5和FcP5CS的表达,协同增强植物细胞的活性氧(ROS)清除能力和脯氨酸介导的渗透调节功能,从而显著提升无花果的整体抗旱能力。进一步分析表明,JA2介导的干旱响应模块在桑科植物中具有较高的进化保守性,为无花果和桑科其他作物的抗旱遗传改良提供了重要的候选基因和调控模块。
这项研究凭借其高质量基因组平台、多组学分析和遗传转化体系构建,在解析无花果三大核心特色性状(隐花果发育、药用成分合成、环境抗性)的遗传机制方面取得了突破性进展(图3),具有重要的理论价值和广阔的应用前景,为无花果的分子设计育种及桑科植物的资源挖掘利用开辟了新的道路。

图3 无花果重要性状的基因调控模块示意图
扬州大学园艺园林学院王莉教授、青年百人路兆庚副教授和王庆杰副教授为论文共同通讯作者,团队在读博士生任世雄,已毕业硕士研究生谷洵(现为河南大学博士生)和深圳大学生命与海洋科学学院陈子熙副研究员为论文共同第一作者。
论文链接:
https://www.cell.com/plant-communications/fulltext/S2590-3462(25)00232-9
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